Cơ cấu tổ chức của Bộ này bao gồm:

• Cục Chính sách Kinh tế và Tài chính công
• Cục Hành chính và Tài chính
• Tổng cục Thuế
• Tổng cục Hải quan và Thuế tiêu thụ đặc biệt
• Cục Hợp tác và Đầu tư
• Kho bạc Nhà nước
• Cục Doanh thu ngoài thuế
• Cục Công nghiệp Tài chính
• Cục Ngân sách
• Cục Tài chính Sự vụ
• Cục Tài chính địa phương
• Cục Kiểm toán Nội bộ
• Cục Tài sản Nhà nước
• Cục Mua sắm Công
• Cục Nhân sự
• Cục Pháp chế
• Cục Hội nhập Kinh tế và ASEAN
• Cục Công nghệ thông tin
• Cục Tái định cư
• Viện Kinh tế Tài chính